L'origine del Museo Civico si deve alla volonterosa iniziativa di un ristretto gruppo di studiosi e appassionati d'arte che il 28 settembre 1874 fondarono il Comitato Archeologico Provinciale, con il dichiarato scopo di "conoscere e conservare tutto ciò che in Provincia appartiene all'antiquaria, alle arti, alla storia patria".
Il primo nucleo della collezione trovò posto nel portico del palazzo Pretorio per poi essere trasferito presso Villa Quadrio. Le raccolte, progressivamente ampliate, solo nel 1990 hanno trovato la loro definitiva collocazione presso il Palazzo Sassi de' Lavizzari.

Le opere conservate al Museo della più disparata provenienza, datazione e tipologia, consentono di cogliere gli aspetti peculiari della storia artistica valtellinese dal Medioevo al nostro secolo.
Gli affreschi medioevali, le pale d'altare rinascimentali, i dipinti seicenteschi e le grandi tele del Settecento delineano una vicenda artistica costantemente in dialogo con l'ambito comasco e milanese, ma non estranea ad influssi nordici. 

Accanto a maestranze locali, in Valtellina furono chiamati ad operare artisti provenienti dalle zone limitrofe, che permisero l'acquisizione delle novità stilistiche elaborate nei più importanti centri di produzione artistica lombardi.
Preziose oreficerie, sculture lignee policrome, stampe e disegni completano il quadro d'insieme, mentre alcune opere di curiosa provenienza (Napoli, Venezia, Lazio) sono giunte in Valtellina grazie alla generosità degli emigranti valtellinesi, che fin dal '400 lasciavano la terra d'origine per altre città.